L'organisation du temps ne comporte aucun temps mort. L'élève est pris en charge du matin au soir. Dans la plupart des disciplines de base, l'horaire prévu par les instructions officielles est renforcé.

Les devoirs sur table de quatre heures ont lieu en début de semaine  selon un calendrier assurant la rotation des matières. De même, une heure d'interrogation écrite prend place chaque semaine ce qui favorise un investisssement constant des professeurs comme des élèves.  Enfin, des séries d'examens complets finissent chaque trimestre, ce qui permet des révisions générales dans toutes les matières. 

En outre, le Cours Geoffroy Saint-Hilaire offre de très nombreuses possibilités d'assistance aux élèves: études dirigées, ateliers de mathématique, de philosophie, de français, cours de méthodologie, stages de soutien pendant les vacances scolaires, tout est mis en oeuvre pour rendre nos élèves acteurs de leurs études.